Чтобы избежать данной ошибки, необходимо придерживаться следующей структуры:

После того, как вы правильно организуете структуру, аванс должен засчитаться.
Если по данному контрагенту и по данному договору есть долг, то аванс автоматически пойдет в счет погашения задолженности, но если вам это не нужно, то в ячейке погашения задолженности выбираем "Не погашать".

